二氧化氯是一種具有強氧化能力的氣體，它殺菌或殺病毒的方式是氧化其蛋白質、脂肪和核酸等以達到去活性之功能。由於二氧化氯是一種中性氣體，其穿透能力 強，因此可以穿透細菌的細胞膜或病毒之蛋白質外衣以加強消毒之功能。它的廣效特性是可以氣體方式溶于水中，直接氧化與溶液接觸之物質，或以氣體分散於空氣 中氧化懸浮於空氣中之有害物質。SARS病毒傳染途徑是經由空氣飛沬及接觸傳染，因此嚴堵其擴散應對感染區之物體表面及空氣同時消毒。
目前廣泛使用之漂白水消毒效果不彰，其原因為：漂白水之氧化能力較弱漂白水殺菌和殺病毒能力較弱漂白水僅能消毒物體表面但無法消毒空氣，此外漂白水遇酸後會產生有害之氯氣。
二氧化氯在環保署第48期電子報中報導可以有效殺死SARS病毒，其廣效的特性已被證實對許多病毒有效，因此用於SARS病毒及禽流感病毒消毒之成功機率是目前市面上最優的選擇。美國環境保護署 (EPA) 核淮二氧化氯在飲用水中之安全濃度為0.8ppm，用於物體表現消毒則高500ppm，因此二氧化氯在低濃度時是一種安全的飲用水消毒劑，在高濃度時是一 種強效的消毒劑。消毒是防堵疫情重要的一環，使用正確之消毒方法更是一重要課題。
氯氣與其他漂白水缺點
臭氧不穩定，水溶性較差，不能長效殺菌，長時間吸入又會導致肺部纖維化的問題。使用氯與漂白水等消毒，除具有氯氣之臭味外，更有與腐植酸等產生三氯甲烷等致癌物質。如果同時考慮殺菌及殺病毒能力在水中之穩定性，二氧化氯是最佳的選擇；此外二氧化氯不會產生三氯甲烷等致癌物質，因此不會對環境造成二次傷害。
二氧化氯的優點
高效率、快速的殺菌效果，二氧化氯葯效持久，約為氯的10倍 。二氧化氯是氧化劑而不是氯化劑，因此不會和水體中的有機物反應生成致癌有毒的氯代副物，如三氯甲烷和卥乙酸 。
對水中的色素、臭味、異味和鐵、錳具有較好的去除效果。在水中的溶解度是氯氣的5倍，適於水體消毒並能維持更長的抑菌時間，可防止管網中的細菌再度繁殖 。安全、無味、無毒 、穩定性強、對人畜無害；可安全地使用 。經過處理的水中 不含氯味及其它異味 。
能有效地破壞酚、氯酚、硫醇等有機毒物反應；能快速徹底殺滅和抑制藻類，二氧化氯易溶於水，功效十分穩定，殺菌效果不受水體的pH度(pH= 6 ~ 10 範圍內)與氨氮的影響 。
二氧化氯殺滅病菌和病毒的功效
二氧化氯是一種廣效型的消毒劑，它對水中的病原微生物，包括病毒、芽孢、配水管網中的異養菌、硫酸鹽、還原菌及真菌等均有很高的殺滅作用。 二氧化氯殺滅病毒的作用比臭氣(O3)和氯有效。
在洪水期間，二氧化氯對水中柯薩奇(腸道)病菌、人類腸道病毒、皰疹病毒、新城病毒、噬菌體、牛痘病毒、脊髓灰質炎病毒等多種病毒，均有有效的殺滅效果。 如使用0.02mg/L 的二氧化氯劑量，可在幾分鐘內將水中的病毒桿菌殺滅，功效比氯更強。低劑量的二氧化氯還具有很強的殺蠕蟲效果，如使用0.5mg/L的二氧化氯劑量，便可將微生物甲殼類中的水生二節虱類殺滅，而使用氯殺滅則需 要6.0~ 7.0m g/L的劑量。
二氧化氯對水處理系統中的沈澱、澄清、過濾設備以及配水管網中的藻類異養菌、鐵細菌、硫酸鹽及還原菌等，都有較佳的殺滅功效。在水質處理設施內加入二氧化氯，亦能加強保障設施的運作。
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